وبصفته عالم ذرة كان فون فايتسيكر على صلة وثيقة ببرنامج ألمانيا النووي قبل وأثناء الحرب العالمية الثانية، بالرغم من أن دوره الفعلي أمر يخضع للنقاش في رأي الكثيرين. وعن مشاركته في برنامج اليورانيوم أثناء الحرب العالمية الثانية قال فايتسيكر فيما بعد بأن الامر كان "رحمة من الله أن بناء القنبلة النووية الألمانية لم يتحقق لأسباب تقنية، مبررا مساهمته في المشروع في رغبته آنذاك في لعب دور مؤثر في السياسة، مشيرا إلى أنه كان من الممكن أن تكون كارثة فيما لو نجحت الفكرة وخرجت الى حيز التنفيذ".
وكانت وجهة نظر فايتسيكر أن العلماء يتحملون المسؤولية عن اكتشافاتهم حتى إذا لم يكن بالإمكان التأكد من العواقب دائما. في هذا الصدد قال الفيزيائي الألماني بأن مثل هذه الأسلحة من شأنها أن تقود إلى تدمير البشرية، مشيرا إلى ضرورة لجم الحروب والمؤسسات التي تدق طبولها. لذلك فقد نشط منذ عام 1957 ضد مخطط تسلح الجيش الاتحادي الالماني بالأسلحة النووية وضد تحول ألمانيا إلى دولة نووية.
تجدر الإشارة هنا إلى أن فايتسيكر كان ضمن 18 عالما نوويا ألمانيا أطلق عليها "مجموعة جوتنيجن 18" والتي وقعت عام 1957 على ما عُرف بـ "إعلان جوتينجن" ضد خطط المستشار الألماني آنذاك كونراد اديناور ووزير دفاعه فرانس يوزيف شتراوس التي كانت تهدف إلى تسليح الجيش الألماني بالسلاح النووي، حيث كانت وثيقة العلماء تدعو إلى عدم مشاركة ألمانيا في تصنيع او اختبار أو استخدام هذا النوع من الأسلحة بشكل أو بآخر